El 30-50% de las mujeres con endometriosis pueden tener afectada la fertilidad por perjudicar la endometriosis, en algunas ocasiones, a la reserva ovárica y asociarse con una alteración inmunológica, menor receptividad endometrial, una peor calidad ovocitaria que a su vez disminuiría la tasa de fecundación y una deficiente calidad embrionaria en ocasiones. Anatómicamente se puede alterar la disposición de los órganos pélvicos presentando cuadros de adherencias pélvicas que podrían obstruir o dificultar la movilidad de las trompas en el momento de la ovulación.
En los casos en lo que se mantenga una aceptable calidad ovocitaria el tratamiento más eficaz será FIV/ICSI, recomendando una adecuada profilaxis antibiótica y teniendo especial cuidado en la punción ovárica para minimizar el riesgo de complicaciones por la posible interposición de asas intestinales debido a estas adherencias.